G6.3 鏡子裡的分子,也一定要得到相同答案嗎?
左右手看起來很像,為什麼不能只靠轉動重合?
把左手與右手放在桌上,形狀互為鏡像,但無論怎麼在三維空間轉動,也不能讓每個對應部位重合。這個熟悉的經驗,就是 chirality(手性) 的直覺。
前面 distance-based layers 對所有 orthogonal transformations 都有一致性,包括 reflection。如果任務只關心鍵長與普通距離,這很合理;但若想辨認左右手構型,把 mirror 當成同一份答案,會不會先排除了正確模型?
我們先算一個只需要四個點的例子,再決定該用哪個 group。
所有距離都相同,真的還是可能不同
取四個不同型別的點 ,型別讓每個點的身份明確。鏡射矩陣 滿足 、。
鏡像後的任意距離是
其他所有 pairs 也相同。因此任意只讀這些型別與 pairwise distances 的 invariant scalar model,都會給鏡像相同答案。
這不是距離取樣太少:即使全部距離都知道,orientation 的符號仍被消除。 若 target 區分手性,distance-only E(d)-invariant scalar 就不適合。
要留下哪一種新資訊?
以 為共同起點,取三支向量:
用它們作為矩陣的三個 columns,定義 signed volume:
它的絕對值是平行六面體體積,符號則記下三個方向的 orientation。共同 translation 在相減後消失;orthogonal transformation 後,
Proper rotation 的 determinant 是 ,所以 ;reflection 是 ,所以 。這讓鏡像產生不同的數值。
取 、、、,得到 ;將第一個座標鏡射,得到 ,距離卻完全相同。
這還是 scalar 嗎?
它是一個數,但不是 reflection-invariant scalar。對 proper rotations 不變、對 reflection 改符號的量叫 pseudoscalar(偽純量)。
這再次說明「輸出是一個數字」不夠決定 output action。普通 energy 可以要求 E(d)-invariant;signed orientation 則應使用不同的 action,或把 group 限定為 SE(d)。
同樣,cross product 是 axial vector,reflection 下與普通 polar vector 的 action 不同。我們在擴充單元再處理 tensor 的型別;這裡先把 scalar 與 pseudoscalar 的差別說清楚。
點的排列會不會改變 signed volume?
會,若任意交換 ,determinant 也變號。所以用 signed volume 辨認手性時,需要明確的 chemical identities 或一致的 ordering rule,不能依資料的 row 順序臨時決定 。
本例用四種不同型別固定角色,shuffle 時點的型別跟著搬動,再按型別取出四個點,才不會把 permutation 和 reflection 混為一談。若點沒有可區分身份,要設計更完整的 permutation-consistent construction。
補充E(d) 與 SE(d) 哪個正確,要由任務決定
在沒有手性外部條件的經典系統中,鏡像構型的某些 energy 可以相同;識別手性類別或與手性環境的互作用時,target 可以不同。不能因為分子可能有手性,就斷言所有 energy 都必須在 reflection 下改變。
第一階段留下了什麼判斷方法?
我們沒有找到一種所有任務都該使用的最大 symmetry。相反地,每次都先問:哪些輸入變化保留任務意義?答案是什麼型態?哪些資訊不能被提前平均或消除?
G1 的地標座標、G3 的元素順序、G5 的道路關係、G6 的 force 與鏡像,都在使用同一條檢查方法。接下來把這些要求寫成真正的測試,就能把「模型看起來合理」變成可計算的證據。
課堂提問
如果用資料表最前面四個 rows 算 signed volume,再宣稱模型 permutation-invariant,問題在哪裡?
先想一想,再展開看整理後的答案
重排會改變四個點的選擇與順序,determinant 可能改值或改符號。本例靠不同點型別固定角色,型別隨點重排;不能把 row index 當作幾何身份。
動手看一次
勾選鏡射,再比較 pairwise distance、energy 與 signed volume。前兩者不變,後者變號;A–D 是固定角色,不是任意 row 順序。